三个猜想
第一种猜想是：匿藏在日本。
北京猿人撤出协和医院后，按原计划由美国海军陆战队装上哈里逊总统号运往美国。但是，太平洋战争一爆发，哈里逊总统号却成了日军的“俘虏”，化石也当然被日军截留。
有人说：太平洋战争爆发之时，哈里逊号邮船未到达天津，装有化石的木箱在战云弥漫之际，由海军陆战队军医福莱当做行李包疏散。不久，福莱也当了俘虏。至于这只装有化石的“行李箱”被疏散到了哪里？甚至这只“行李箱”内到底有没有化石？福莱也不知道。那么，这箱化石并不一定落在日本人手中，只是在美国人的转运途中杳然无迹了。
不过，当时的天津已由日本人控制。1942年8月，日本大张旗鼓地追寻化石，1942年1O月，煞有介事地宣称找到了化石，与此后的不了了之，恰成一鲜明的对照。以日本军国主义分子之凶残和狡狯，化石如果不曾找到，他们岂肯善罢甘休？因此，化石仍然匿藏在日本。曾经5次赴日搜查中国猿人下落的中国专家李济先生也这样认为。
第二种猜想：长眠在深深的海底。
有人提供线索，将化石装箱后，并没运到天津，而运往秦皇岛港，并在秦皇岛港装上了哈里逊总统号邮船。可惜的是，邮船赴美途中遭难，沉没在太平洋海底了。如果事实真是如此，沉睡了几万年的“北京猿人”在世间一展风采后，又进入了一个更为宁谧的世界，而它的重见天日，有待于科学的进步及哈里逊总统号探测和打捞了。
第三种猜想：静卧在中国的土地上。
中国人类学家周国兴根据多年的调查，提出了一条新的线索。在珍珠港事件爆发前夕，一个守卫在美国大使馆和美国海军陆战队总部通道门口的卫兵，亲眼看到两个人抬着一箱东西，埋在大使馆的后院里。据推测，可能是北京猿人化石。有趣的是：周国兴已经找到了这个地方，只是因为上面盖着房屋，不便发掘。事实的真象到底如何，则有待于这块神秘地域的开发和这些房屋的拆迁了。
值得庆幸的是：1966年，周口店又发现一个头盖骨和枕骨、额骨碎片，它和30多年前发现的碎骨模型拼合在一起，正好组成一个完整的头盖骨，依然神采奕奕地展示着远古时期人类生存和进步的风貌。
邮箱：